Đáp án đúng là: A. The new neighbor asked Lily how long she had been living in that city.
Giải thích: Đây là câu tường thuật lại lời nói gián tiếp. Câu gốc là câu hỏi Yes/No với thì Hiện tại hoàn thành tiếp diễn ('have you been living'). Khi chuyển sang câu gián tiếp, 'this city' đổi thành 'that city', thì 'have been living' đổi thành 'had been living', và cấu trúc câu hỏi đảo ngữ ('have you been living') trở thành câu trần thuật ('she had been living').